高考加分申请时，妈妈不在户口本上可能影响资格审核。分析：高考加分政策通常涉及考生及其直系亲属的某些特定条件。若妈妈不在户口本上，可能无法直接证明母子关系，进而影响加分资格的审核。法律上，户籍是确认亲属关系的重要依据之一。提醒：若审核过程中发现亲属关系证明缺失或存疑，可能被视为不符合加分条件，问题严重时应及时咨询教育部门或法律专业人士。
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处理方式：从法律角度看，处理此类问题的方式主要有两种：一是补充证明母子关系的法律文件，如出生证明、亲子鉴定报告等；二是通过户籍管理部门更正或补充户口本信息。选择方式时，应优先考虑能否快速、有效地提供母子关系证明，以及更正户口本信息的可行性。
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具体操作：1. 若妈妈因故未在户口本上，但能提供出生证明等官方文件证明母子关系，可将这些文件提交给教育部门进行审核。2. 若无法提供直接证明，可考虑进行亲子鉴定，以科学手段确认母子关系，并将鉴定报告提交审核。3. 若户口本信息有误或缺失，应前往户籍管理部门办理更正或补充手续，确保户口本信息准确无误后，再提交加分申请。4. 在整个过程中，务必保持与教育部门和户籍管理部门的沟通，及时了解审核进度和要求，确保申请顺利进行。